根据《清源山风景名胜区总体规划》，为有效合理地对风景区实行保护根据清源山风景区的实际情况,将风景区分为一、二、三级保护区。

     （1）一级保护区

    是风景区主要景观、景点分布区，也是游览的精华区，要求绝对保护，以保持景观的永久性为目的。范围包括清源山、九日山、灵山三个景区，面积5.9平万公里。为保护好该地区的景观应采取如下措施:
    A、保护植被及地貌，严禁砍伐林木、毁林造田、开山采石、取土、修建坟墓等活动。
    B、保护水源水体，清理景区内现存泉眼及源头，严禁污水排入水体。
    C、保护区内的所有岩体、岩洞及石雕石刻，经常整修石构建筑，保持其建筑特征。
    D、禁止兴建规划外的任何项目，对有碍景观的建筑及服务设施要进行必要的改造或予拆除，已在一级景区内占有土地又与景区无关的单位及建筑原则上应予搬迁。
    E、控制游人数量，游人数量不得超过环境容量。

     （2）二级保护区

    是游览价值稍低，但对资源保护有较大影响的重要保护区。范围界定在一级保护区以外、三级保护区以内的区域，面积10.2平方公里。具体保护措施：
    A、禁止开山采石，修筑坟墓，保护现有地形地貌。远期动迁本区坟墓。
    B、禁止改变水系活动，保护水源水体。
    C、凡对景观有影响的架空电线杆，均应妥善处理，逐步做到隐蔽敷设。
    D、可以修建一些小型服务设施。
    E、禁止破坏植被，砍伐树木，重点地区应封山育林。

    （3）三级保护区

    三级保护区是一般保护区，也属于风景名胜区的管理范围。面积约45.9平方公里。三级区主要是维持生态平衡，保护景观视线。具体保护措施如下
    A、禁止毁林造田，禁止建坟筑墓，远期动迁风景区三级区内的墓地。
    B、不得任意采石伐木，对有特殊需要的，要报请风景区管理部门批准，只准予在指定的对景观无影响的地点自行适量的挖、采、伐，并须恢复地貌。
    C、禁止新建或扩建工矿企业，对现有有碍景观的工矿企业及其它建筑应逐步拆除或外迁。
    D、划出视线走廊的保护范围，对影响视线的建筑物及障碍物要子以清除，搬迁。
    E、允许在三级区进行适度的开发，但开发项目应与旅游业有关一切建设项目需报风景区管理部门会签。